Строительство
В каком именно году были освящены первые четыре храма неизвестно, но можно утверждать, что они были построены и освящены при митрополите Лаврентии, то есть до 1670 года, практически одновременно с принесением сюда из Казани чудотворного образа Божией Матери «Грузинская», прославившегося многочисленными чудотворениями и ставшего вскоре одной из главных святынь Казанской епархии.
Новоустроенная Раифская пустынь не была обеспечена ни угодьями, ни землей. Монахи своими руками с трудом обустраивавшие монастырь, находились в весьма скудном положении. Игумен Раифской пустыни Савватий в 1670 году писал в своем челобитье царю Алексию Михайловичу: «Зачата пустынь строиться, а братьи собрано человек с двадцать, а к той пустыни вотчины и пустых земель нету; строить нечем, скитаются Христовым Именем». По этой просьбе, царем Алексеем Михайловичем Раифской пустыни была передана пустошь Свиные Горы над рекой Камой. В 1674 году пустыни также отошли лес, пашни и луга, находившиеся близ неё вместе с близлежащими деревнями с крестьянами по челобитью настоятеля пустыни игумена Алексия.
Постепенно Раифская пустынь обустраивалась материально, устраивать порядок внутренней монастырской жизни. Но прошло несколько десятилетий (с 1662 по 1689 годы), и монастырь испытал страшное бедствие. В 1689 году пожар, неизвестно отчего возникший, истребил все строения Раифской пустыни, «церкви Божьи со всею утварью и колоколами», как сказано в челобитье игумена Германа с братьею. Обитель пришла в крайнее запустение, лишь немного священных предметов и вещей удалось вынести из храмов и келий. Кроме построек, также сгорело более 100 десятин заготовленного для строительства леса, что существенно затрудняло восстановление пустыни. К великому счастью была спасена и Чудотворная Грузинская икона Божией Матери. Лишившись пристанища, старые и немощные иноки ушли в другие монастыри, большинство же осталось жить на пепелище, построив себе утлые хижины, испытывая подчас холод и голод, но предпочитая прежнее свое местопребывание всякому другому. Правящий епархиальный Архиерей Высокопреосвященный Митрополит Казанский Адриан, увидев такую сильную преданность своему монастырю и вере Раифской братии, "озаботился устроением обители в лучшем виде" и решил восстановить ее и сделать это уже в камне. Чтобы решить поставленную задачу, он вызвал из монастыря иеромонаха Германа, "родом казанца, устроителя Раифской пустыни", как написано на его надгробии в Новоиерусалимском монастыре, и дал ему указание при сооружении обители Раифской иметь образцами Тихвинский и московский Новоиерусалимский монастыри, в которых Герман жил прежде.
Но владыка Адриан не дождался окончательного устроения новой обители. В 1690 году он был возведён на Патриарший престол и был последним Патриархом Московским и Всея Руси вплоть до упразднения Петром Первым патриаршего престола. На его место заступил Митрополит Маркелл, выходец из южных славян, человек, наделенный высокой душой, глубоким просвещением и твердым характером. И уже при Высокопреосвященном Маркелле началась застройка обители теперь уже в камне, заботами и трудами настоятеля иеромонаха Германа с братией. Так пишет строитель Герман в своей челобитной, поданной царю Иоанну и Петру Алексеевичу в 1692 году: "впредь прочнаго ради состояния, по благословению преосвященного Маркелла, митрополита Казанскаго и Свияжскаго, начали они ныне строить в Раифской пустыне каменную церковь во имя Пресвятыя Богородицы Грузинския и св. Отецъ, въ Раифе пострадавших, и в утверждение ископали ровъ, и сваи и бутъ положили. Довершить же за многим оскудением тое церкве имъ невозможно". После этой челобитной Раифской пустыни пожертвованы были значительные леса и угодья для продолжения строительных работ.
С 1690 по 1717 годы трудами третьего настоятеля обители игумена Германа при поддержке высокопреосвященного Маркелла (собственной своей казной и пожертвованиями от доброхотных даятелей), кроме настоятельских и братских покоев, других служб, внутри монастырской ограды (а она больше походила на крепостное сооружение, так как имела бойницы и пушки), построил несколько очень красивых церквей. Это были каменные церкви во имя Чудотворной Грузинской иконы Пресвятой Богородицы, храмы преподобных Отец в Синае и Раифе избиенных; Святителя Николая Мир Ликийского Чудотворца, а также ограда и три двухэтажных флигеля: для настоятеля, для братских келий и для трапезной. Строительные работы производились под руководством иеромонаха из Новоиерусалимского монастыря мастера-строителя Гермогена. Преемник владыки Маркелла по кафедре митрополит Казанский Тихон Третий (Тимофей Васильевич Воинов) для Раифской пустыни оказался истинным благодетелем. Он особенно любил эту пустынь, так что в ней заповедовал и похоронить себя, хотя это завещание не было исполнено и он, как и Маркелл, был похоронен в Благовещенском соборе Казанского Кремля. Именно он закончил постройку каменных церквей, снабдил их богатой ризницей, вообще привёл всю пустынь в особо блестящее положение. Для своих частых приездов он построил отдельный домик. На монастырском озере долго сохранялся деревянный сруб, на котором некогда Высокопреосвященным была основана беседка, куда он часто хаживал: освежиться в жару и насладиться прекрасными видами, открывающимися отсюда во все стороны.
Вероятно, при митрополите же Тихоне появилось в обители то множество церквей, которым отличалась она в прежние времена от других казанских монастырей. По ведомости о монастырях Казанской епархии, представленной в Синод в 1739 году, в обители Раифской указано 15 храмов, считая в том числе и приделы. «Настоящая каменная холодная церковь во имя Пресвятыя и Живоначальныя Троицы; при ней в трапезе придел во имя Пресвятыя Богородицы Грузинския; церковь каменная теплая во имя святых преподобных Отец в Синае и Раифе избиенных; при ней в трапезе придел во имя Евфимия, архиепископа Новгородского чудотворца; над теми же церквами вверху церковь святых мучеников пяточисленных: Евстратия, Авксентия, Евгения, Мардария и Ореста, да вокруг монастыря на каменной ограде церкви; на Св. вратах (восточных) во имя св. Николая чудотворца; во имя Неопалимыя купины; во имя Тихона Амафунтского; во имя Св. апостола Иакова, брата Господня; во имя Страшного Суда; во имя святителей Гурия, Варсанофия и Германа, Казанских чудотворцев; во имя зачатия Иоанна Предтечи; при ней же во имя Ярославских чудотворцев; над ними вверху во имя Алексия, человека Божия; во имя св. мученицы Екатерины». Почти все эти церкви получили вклады от митрополита Тихона, в виде дорогой церковной утвари и древних икон. В этом ему помогали граждане Казани, особенно сын вице-губернатора Никиты Алферовича Кудрявцева Мефодий Никитич, убитый сообщниками Е. Пугачёва на церковной паперти Казанского Богородицкого девичьего монастыря.
Архимандрит Платон Любарский в своём «Сборнике древностей Казанской Епархии» говорит, что «при Тихоне Митрополите, его стараниями и отчасти иждивением построена вся каменная Раифская пустынь». Поэтому справедливо этот святитель считается ктитором Раифской пустыни. После митрополитов Лаврентия, Адриана, Маркелла и Тихона долго не было для Раифской пустыни таких архипастырей-благодетелей, какими были они. Только уже лет через сто очень усердно заботился об украшении и благоустройстве Раифской пустыни Филарет (Амфитеатров), архиепископ Казанский и Свияжский.
По его настоянию, игумен, впоследствии архимандрит Раифской пустыни, Амвросий (Боголюбов) начал постройку нового каменного тёплого собора во имя Грузинской иконы Божией Матери по проекту архитектора М. П. Коринфского вместо пришедшего в ветхость храма, построенного в XVII веке при митрополите Маркелле. Строительство собора было завершено в 1842 году. В его стенах владыка Филарет устраил для себя келии, где хотел упокоиться от трудов своих, но был переведен митрополитом в Киев, и собор уже достраивался без него. Небезынтересен тот факт, что этот храм имел в подвале свою котельную и в холодное зимнее время отапливался при помощи воздушных отдушин внутри стен.
В 1794 году благочестивая казанская мещанка Надежда Ивановна Киселёва пожертвовала свои денежные сбережения на строительство церкви, которая была освящена в честь мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии, на месте разрушенной молнией церкви Страшного Суда Божия.
Последними строениями Раифской пустыни являются колокольня с надвратной церковью во имя Архистратига Божия Архангела Михаила, построенная на месте пришедших в ветхость башни с холодной надвратной церковью во имя Святителя Николая. Строительство колокольни было начато в 1889 году на средства и по подряду известного казанского благодетеля и мецената купца Михаила Тимофеевича Атлашкина, прах которого покоится на монастырском кладбище (умер в 1901 году).
По преданию, настоятель монастыря игумен Вениамин давно планировал перестройку, однако он не был полностью уверен в необходимости этого строительства, а также не имел достаточно средств на него. Не имея никого, к кому было бы обратиться за советом, решил спросить у первого встретившегося ребенка: строить ему колокольню или нет?Пройдя около версты, встретил женщину с маленькой девочкой. Когда они приблизились к нему, он, благословив их, спрашивает девочку:— Как тебя зовут?Та отвечает:— Мася...— Сколько тебе лет?Она ответила, что ей чуть ли не 30 миллионов лет, а мать сказала, что ей около четырёх лет.— Ну, хорошо, так скажи мне: строить мне колокольню или нет?— Штрой (т. е. строй).— Спаси тебя Господи, деточка, — сказал отец игумен и возвратился в обитель.В этот же день приказал он нанимать рабочих, приготовлять леса и вообще сделал надлежащие распоряжения. На следующий день из Казани к нему приехал М. Т. Атлашкин и говорит:— Вот, Батюшка, явилась у меня мысль пожертвовать в обитель заготовленный у меня кирпич — один миллион штук, только смущаюсь я тем, что вам некуда будет употребить.На что отец гумен ответил:— Спаси Вас Господи, ведь я начал строить колокольню, и кирпич очень нужен.— Ну вот и слава Богу, — ответил Михаил Тимофеевич, — так я вам сегодня же начну перевозить кирпич...
14 сентября 1891 года в день празднования Воздвижения Креста Господня на новую колокольню поднимали крест. В 1903 году престол надвратной церкви был освящён в честь Архистратига Божия Михаила, в память Михаила Атлашкина, известного благодетеля не только Раифской обители, но и многих других монастырей и приходских храмов.
Собор в честь Святой Живоначальной Троицы заложен в 1903 году по проекту архитектора Ф. Н. Малиновского на месте старого храма, построенного в конце XVII века, и освящен 6 июня 1910 года архиепископом Казанским и Свияжским Никанором. Храм всегда славился замечательнейшей акустикой — пение четырёх иноков на хорах слышалось окрест на 2 версты. К сожалению, в начале XX века в обители не было достаточно средств и Троицкий собор так и не был расписан.
При учреждении Раифской пустыни братии было в ней 20 человек, в первой половине XVIII века — 30 человек, в 1764 году — 25 человек, в 1833 году —35 человек, в 1880 году — 42 человека, в 2001 году — 60 человек.
Монашествующие священники с прихожанами монастыря. Начало XX века